Väčšina komerčne dostupných pamäťových kariet predvolene používa systém súborov FAT32. Súborové systémy NTFS a FAT32 sa líšia nasledujúcimi spôsobmi:

• Systém súborov FAT32 nedokáže ukladať samostatné súbory väčšie ako 4 GB, zatiaľ čo systém súborov NTFS to dokáže.
• V porovnaní so systémom FAT 32 má systém NTFS vyššie využitie disku a dokáže efektívnejšie spravovať jeho ukladací priestor.
• Rýchlosť čítania a zápisu systému NTFS je taktiež vyššia ako v systéme FAT32.
• Systém súborov FAT32 je vhodný pre menšie pamäťové zariadenia flash (napríklad pamäťové karty, USB kľúče a ďalšie úložné zariadenia), zatiaľ čo systém súborov NTFS sa hodí pre veľkokapacitné disky.