Useimmat kaupallisesti saatavilla olevat muistikortit käyttävät oletuksena FAT32-tiedostojärjestelmää. NTFS- ja FAT32-tiedostojärjestelmät eroavat seuraavilla tavoilla:

• FAT32-tiedostojärjestelmä ei voi tallentaa yksittäisiä yli 4 Gt tiedostoja, kun taas NTFS-tiedostojärjestelmä voi.
• NTFS-tiedostojärjestelmässä on FAT32-tiedostojärjestelmään verrattuna suurempi levyn käyttöaste ja se voi hallita levytilaa tehokkaammin.
• NTFS:ssä on nopeammat luku- ja kirjoitusnopeudet kuin FAT32:ssa.
• FAT32-tiedostojärjestelmä soveltuu pienemmän tallennustilan muistilaitteille (kuten muistikorteille, USB-asemille ja muut tallennusvälineet), kun taas NTFS-tiedostojärjestelmä soveltuu suuremman tallennustilan levyille.