Većina komercijalno dostupnih memorijskih kartica podrazumevano koristi FAT32 sistem datoteka. NTFS i FAT32 sistemi datoteka razlikuju se na sledeće načine:

• FAT32 sistem datoteka ne može da čuva pojedinačne datoteke veće od 4 GB, dok NTFS sistem datoteka to može.
• U poređenju sa FAT32 sistemom, NTFS sistem datoteka ima veću iskorišćenost diska i može efikasnije da upravlja prostorom na disku.
• Brzine čitanja i pisanja u NTFS sistemu su takođe veće u odnosu na FAT32 sistem.
• FAT32 sistem datoteka je pogodan za fleš memorijske uređaje manjeg kapaciteta (kao što su memorijske kartice, USB disk jedinice i drugi uređaji za skladištenje), dok je NTFS sistem datoteka pogodan za diskove velikih kapaciteta.