A legáltalánosabban rendelkezésre álló memóriakártyák alapértelmezett beállításként FAT32 fájlrendszer használnak. Az NTFS és a FAT32 fájlrendszerek az alábbi módon térnek el egymástól:

• A FAT32 fájlrendszer nem képes 4 GB-nál nagyobb fájlt tárolni, míg az NTFS fájlrendszer igen.
• A FAT32 fájlrendszerrel összehasonlítva az NTFS magasabb lemezhely kihasználtságot biztosít, és hatékonyabban tudja kezelni a lemezhelyet.
• Az NTFS fájlrendszer olvasási és írási sebessége is nagyobb, mint a FAT32-é.
• A FAT32 fájlrendszer kisebb kapacitású flash memóriaeszközökhöz alkalmas (mint a memóriakártyák, USB meghajtók és egyéb tárolóeszközök), míg az NTFS fájlrendszer nagy kapacitású lemezekhez használható.