การ์ดหน่วยความจำที่ใช้ได้ในเชิงพาณิชย์มากที่สุดจะใช้ระบบไฟล์ FAT32 โดยค่าเริ่มต้น ระบบไฟล์ NTFS และ FAT32 ต่างกันดังต่อไปนี้:

• ระบบไฟล์ FAT32 ไม่สามารถจัดเก็บไฟล์แต่ละไฟล์ที่ใหญ่กว่า 4 GB ได้ในขณะที่ระบบไฟล์ NTFS สามารถทำได้
• เมื่อเทียบกับระบบไฟล์ FAT32 ระบบไฟล์ NTFS มีการใช้ดิสก์ที่สูงกว่าและสามารถจัดการพื้นที่ดิสก์ให้มีประสิทธิภาพมากขึ้น
• ความเร็วในการอ่านและเขียนของระบบไฟล์ NTFS ยังเร็วกว่าระบบไฟล์ FAT32
• ระบบไฟล์ FAT32 เหมาะสำหรับอุปกรณ์หน่วยความจำแฟลชความจุขนาดเล็ก (เช่น การ์ดหน่วยความจำไดรฟ์ USB และอุปกรณ์จัดเก็บข้อมูลอื่นๆ) ในขณะที่ระบบไฟล์ NTFS เหมาะสำหรับดิสก์ขนาดใหญ่